Tohumların uygun koşullarda uyku halinden çıkıp yeni bir bitki oluşturmak üzere çatlamasına çimlenme denir. Çimlenme için ortamdaki su, oksijen ve sıcaklık değerlerinin ideal olması lazımdır. Tohumlarda canlı ve çimlenmeyi gerçekleştirme yeteneğine sahip kalmasının süresi türe göre değişir. Tohumlar uyku halindeyken metabolizmaları çok yavaş çalışır.
Tohumların çimlenmeden önce bir süre dinlenmesi gerekir. Bu durum dormansi olarak adlandırılır. Dormansi durumunda olan bir tohum uygun koşullar sağlansa bile çimlenme olayını gerçekleştirmez. Dormansi bitki türünün hayatta kalabilmesi için çok önemlidir.
Çimlenme sırasında; tohum kabuğu yumuşadıkça ve protoplazma sulandıkça, çoklukla tohum şişer ve bazen kabuğu çatlatır. Suyun alınmasını, enzim faaliyetinin ve oksijen alımıyla ölçülen solunumun artışı izler. Bu faaliyetlerden sonra hücreler büyür ve kökçük tohum kabuğundan çıkar. Bu olaylar çimlenmenin başlaması ile birlikte giden olaylardır.
Tohumların çimlenmesinde genetik ve çevresel faktörler etkilidir. Çevresel faktörlerin en önemlileri sıcaklık, su ve oksijendir. Bazı bitkilerde ışığın da tohum çimlenmesine etkisi bulunur.